Nacque a Firenze nel 1560. Allievo di Lorenzo dello Sciorina, di Alessandro Allori e di Santi di Tito, fu molto amico del Cigoli e insieme a lui ebbe importanti esperienze formative a Firenze. Approdò a Roma una prima volta nel 1583 e in seguito nel 1592, quando cominciò un lungo soggiorno che continuò, con alcune interruzioni, fino al 1623, allorché il pittore tornò in pianta stabile a Firenze, dove sarebbe morto quindici anni più tardi.
La stagione romana fu molto importante; Commodi ebbe prestigiose commissioni gesuitiche con gli straordinari affreschi nell’abside della chiesa di San Vitale (1599-1600) e con i dipinti con storie di Ignazio di Loyola (1605-1608 circa), realizzati per essere collocati vicino al sepolcro del futuro santo nella chiesa del Gesù, al fine di favorirne la beatificazione (oggi si trovano nella cappella di Odoardo Farnese nella casa professa dei Gesuiti nei pressi della chiesa del gesù a Roma). Nel 1614 circa Commodi ottenne anche quella che poteva reputarsi la più importante commissione assegnata a un solo pittore durante il secondo decennio del Seicento, cioè l’esecuzione di un grande affresco nella parete breve nella cappella Paolina del Palazzo del Quirinale. L’affresco doveva probabilmente raffigurare una Caduta degli angeli ribelli e doveva emulare il Giudizio universale di Michelangelo per la cappella Sistina. Non sono ancora chiare le ragioni per cui l’artista non cominciò nemmeno il lavoro, né si può stabilire quando egli decise di abbandonare definitivamente l’impresa. Di essa ci resta un folto gruppo di disegni preparatori e uno studio per una parte della composizione, a monocromo su tela, conservato presso Palazzo Pitti a Firenze.
Nel 1621, un’altra importante commissione, ottenuta, come la precedente nel Palazzo del Quirinale, con l’intervento del cardinale Luigi Capponi: la pala d’altare per la nuova chiesa di San Carlo ai Catinari, raffigurante San Carlo Borromeo che prega per la cessazione della peste. Dal 1609-1611 Commodi rinsaldò, con una permanenza di tre anni, il rapporto professionale con Cortona, cominciato già da Roma nel 1603, che si concretizzò in una serie di pale d’altare per le chiese della città (e di Foiano della Chiana), fra le quali di particolare rilevanza è la Consacrazione della chiesa del SS. Salvatore, oggi conservata nel Duomo della città toscana. A Cortona Commodi seppe anche riconoscere il talento del giovanissimo (tredicenne) Pietro Berrettini, e, secondo i biografi egli lo portò con sé tornando a Roma: da lì cominciava la formidabile parabola di Pietro da Cortona.